Александр Шестун обвиняется в том, что, являясь главой Серпуховского муниципального района Московской области, действуя совместно со своими знакомыми Борисом Криводубским и Сергеем Самсоновым, путем обмана приобрел в пользу якобы подконтрольной ему организации – ООО «Центр» – права на земельные участки в д. Борисово по заниженной стоимости.
Кроме того, Шестун обвиняется в том, что, являясь должностным лицом, в течение длительного времени вплоть до задержания незаконно участвовал в предпринимательской деятельности, осуществляя фактическое руководство рядом юридических лиц, в том числе ООО «Центр», ООО «Браво».
Александр Шестун вину не признает. Решения о земельных участках являлись, по его мнению, законными. По его словам, он никого к подписанию документов не принуждал, полномочия не превышал.
19 апреля 2018 года глава Серпуховского района Александр Шестун опубликовал видеообращение к президенту Путину. В нем он рассказал об угрозах ему и его семье со стороны высокопоставленных должностных лиц ФСБ России, губернатора и членов правительства Московской области и администрации Президента РФ. В качестве доказательств этих угроз в ролике представлены аудиозаписи угроз.
3 августа 2017 года Александр Шестун выиграл суд, отстояв землю под своим домом и доказав законность его постройки.
Затем Шестун стал активно заниматься темой мусорных свалок, выступая оппонентом подмосковных властей, обвиняя губернатора. Принял активное участие в организации публичных акций в Серпухове против мусорного полигона «Лесной».
О подлинности опубликованных Шестуном аудиозаписей говорит то, что их фигуранты не опровергали их, не обращались с требованиями опровержения в суд или с заявлениями о клевете в правоохранительные органы.
На руководителя Серпуховского района постоянно нарастало давление со стороны региональных и федеральных властей из-за его несогласия на ликвидацию своего поста. Потерпев неудачу в попытке отъема через арбитраж активов у компании, принадлежавшей друзьям Шестуна, власти попытались отсудить уже у него самого землю под домом его семьи, одновременно передавая угрозы через генерала ФСБ. Но Александр Шестун отказался уходить в отставку и выиграл суд о земле под своим домом. Понимая, что против него готовится уголовное дело, Шестун выступил с видеообращением к президенту РФ. Оно скорее всего и послужило последней каплей для властей и силовиков – менее чем через два месяца он был арестован.
Проанализировав многочисленные публикации, аудиозаписи и материалы уголовного дела, справедливо полагать, что Александр Шестун был арестован именно в середине июня 2018 года для того, чтобы он не смог выдвинуться кандидатом на выборах главы Серпуховского района, которые прошли 9 сентября 2018 года. В следственном изоляторе Шестуну незаконно отказали в заверении документов и он действительно не был зарегистрирован кандидатом, хотя имел большие шансы на победу на выборах.
Преследование Александра Шестуна связано с его активной политической деятельностью, критикой вышестоящей власти и силовых структур и является политически мотивированным.